南京海事局是江苏海事局最大的分支机构，依照法律承担维护国家海上主权、管理长江南京段的水上交通安全、防止船舶污染水域等职责。管辖范围上自江苏与安徽交界水域的长江慈湖河口与乌江河口连线，下至长江新河口与仪征十二圩连线的长江水域，水域全长150公里，其中长江干线长98公里，岸线全长280公里。
南京海事局设立办公室、人事教育处、装备信息处、财务会计处、指挥中心、通航管理处、执法督察处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、党群工作部（纪委办公室）11个内设机构；设立政务中心、船舶交通管理中心和执法支队3个处室办事机构；设立龙潭海事处、栖霞海事处、新生圩海事处、大厂海事处、梅山海事处、浦口海事处6个派出机构，代管江苏海事局南京船舶溢油应急设备库、南京综合监管救助基地；设立江宁、六合、下关等11个海巡执法大队。南京市水上搜救中心办公室设在南京海事局。
南京海事局核定公务员编制330人。现配置海事趸船18艘、海巡艇18艘，其中包括65米应急综合指挥船0603和40米应急指挥船0605；设置24小时应急待命点11个。
近年来，南京海事局先后获得“全国文明单位”“全国精神文明先进单位”“全国海事系统先进集体”“全国模范职工之家”“全国交通运输文化建设卓越单位”“交通依法行政示范单位”“江苏省文明单位标兵”等荣誉称号。
南京海事局地址为南京市鼓楼区郑和中路110号，联系电话为025-58802263。办公时间：局机关上午作息时间08:30时-12:00时，下午作息时间14:00时-17:30时；各执法窗口按照对外正式公示时间作息。
梅山海事处本部联系电话为025-86705605，板桥（西坝）海巡执法大队联系电话为025-52207195，乌江海巡执法大队联系电话为025-58299001，江宁海巡执法大队联系电话为025-85098020。
浦口海事处本部联系电话为025-86331751，上元门海巡执法大队联系电话为025-86331751，下关海巡执法大队联系电话为025-83269217。
新生圩海事处本部联系电话为025-85801700，新生圩海巡执法大队联系电话为025-58771696。
栖霞海事处本部联系电话为025-52218590，栖霞山海巡执法大队联系电话为025-85770923。
大厂海事处本部联系电话为025-57060105，扬子海巡执法大队联系电话为025-57782833，六合海巡执法大队联系电话为025-57095195。
龙潭海事处本部联系电话为025-85732369，龙潭海巡执法大队联系电话为025-58630752，三江口海巡执法大队联系电话为0514-83297373、0514-83294489。